Всё так. По крайней мере так, как я задумал
Есть два варианта запуска внешних программ:
1) без ожидания завершения
2) с ожиданием завершения
Вы использовали второй вариант и при этом запустили т.н. "резидентную" программу (типа ResInfo, BananaPC, Battery и т.п.), т.е. программу, которая находится постоянно в памяти, даже если вы не видите её на экране (многие такие программы располагаются в трее Windows, рядом с часами, если запущен Explorer). В результате оболочка будет "псевдозависшая", до тех пор, пока не выгрузите подобную запущенную программу из памяти.
Чтобы избежать таких ситуаций, необходимо запускать такие программы с параметром
wait=no в элементах [BUTTON] и [FILES]
В текущих версиях программы неактуально, т.к. параметр wait не используется, по пожеланию пользователей